新型农村合作医疗是向所有参合农民提供基本医疗服务的平台，新农合实行分级诊疗的目的是为了有效整合医疗资源，给参合者根据疾病严重程度提供不同的医疗服务，节约社会和个人资源。最简单的一个例子：合作医疗给上呼吸道感染患者和癌症患者所提供的医疗服务是不同的。
1、以下疾病只能在乡镇卫生院或社区卫生服务中心进行治疗，合作医疗才予以报销，当然医院的治疗，在乡镇卫生院或社区卫生服务中心就诊后，有转诊手续的前提下，合作医疗按照乡镇卫生院或社区卫生服务中心定额付费标准的50%予以报销。没有转诊合作医疗是不予报销的。例如某分级诊疗病种在乡镇卫生院定额付费标准为元，转诊医院的病人，无论产生多少医疗费用，新农合只报销元。
慢性扁桃体炎（非手术）、急性肠炎、小儿支气管炎、阑尾炎（非手术）、慢性胃炎、前列腺增生症（非手术）、腰肌劳损、疱疹性咽炎、上呼吸道感染、小儿支气管肺炎、急性扁桃体炎、慢性胆囊炎、附件炎、骨性关节炎（非手术）、风湿性关节炎、腰椎间盘突出（非手术）、化脓性中耳炎、鼻窦炎、慢性阻塞性肺病（迁延期）、盆腔炎、高血压病、锁骨骨折（非手术）、颈椎病、肩周炎、慢性支气管炎、宫颈炎、淋巴结炎、脑梗塞恢复期、胆结石（非手术）、前列腺炎、脑神经衰弱、正常分娩、结膜炎、软组织损伤合并轻度感染、急性胃炎、慢性肠炎、牙周脓肿、下尿路感染、营养不良性贫血（轻度）、细菌性痢疾、功能性子宫出血（非手术）、上下肢骨折（非手术）、输尿管结石（非手术）、急性乳腺炎、痔疮（非手术）、急性支气管炎、梅尼埃病、带状疱疹、更年期综合症、腹泻病等共50种。
2、以医院住院治疗，如果没有转诊手续，直接就诊医院，合作医疗不予报销。有转诊手续的，按照区级定额报销标准的50%予以报销。例如某分医院定额付费标准为元，转诊医院住院治疗，无论产生多少医疗费用，年新农合只报销元。
上呼吸道感染(儿科)、小儿支气管肺炎、鼻窦炎、大叶性肺炎、鼻出血、鼻中隔偏曲（手术）、支气管哮喘（持续状态除外）、支气管扩张、间质性肺炎、肺脓疡、脓胸、血气胸、结核性胸膜炎、新生儿窒息、上消化道出血、肝硬化（肝昏迷除外）、病*性肝炎、返流性食管炎、胃息肉（手术）、急性胰腺炎（水肿型）、急性梗阻性化脓性胆管炎、空腔脏器穿孔、慢性萎缩性胃炎、急性肠炎(重症)、急性细菌性痢疾、肠梗阻、脾破裂、腹膜炎、腹腔脓肿、阑尾炎及周围脓肿、溃疡性结肠炎、肛瘘、肛周脓肿、胆囊息肉（手术）、婴幼儿腹泻病、胆囊结石、病*性心肌炎、高血压病(2．3级)、动脉粥样硬化、冠心病（非介入治疗）、高血压性心脏病、肺源性心脏病、心肌病（再同步化治疗除外）、心瓣膜病（非手术）、先天性心脏病（非手术）、心力衰竭（难治性心衰除外）、心律失常（射频消融．起搏除外）、脑出血（除重症）、急性肾小球肾炎、急性肾盂肾炎、慢性肾功能不全、肾病综合征、输尿管结石、肾挫裂伤、肾囊肿、前列腺增生症（手术）、附睾炎、附睾结核、睾丸鞘膜积液、颅脑挫裂伤（重症除外）、硬膜外血肿、硬膜下血肿、周围神经炎、面神经麻痹、颈椎病、皮层下动脉硬化性脑病、晕厥（心源性除外）、癫痫（持续状态除外）、内耳眩晕症、脑梗塞、缺血缺氧性脑病、短暂性脑缺血发作、原发性甲状腺功能亢进症、原发性甲状腺功能减退症、糖尿病、良性甲状腺瘤（手术）、腕管综合征、四肢骨折、腰椎骨折（重症除外）、肋骨骨折、髌骨骨折、骨盆骨折（重症除外）、乳腺纤维瘤（手术）、跟腱断裂、下肢静脉曲张（手术）、多处软组织损伤、去除骨折内固定装置、子宫脱垂（手术）、葡萄胎（恶性除外）、异位妊娠、剖宫产、正常分娩、卵巢良性肿瘤、功能性子宫出血、新生儿高胆素血症、过敏性紫癜、血小板减少性紫癜、营养不良性贫血、慢性扁桃腺炎（手术）等种。
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